Il y a un certain nombre de théories sur l’origine réelle de la franc-maçonnerie. La théorie la plus commune est que la franc-maçonnerie découlerait de la fraternité des maçons et leurs baraques de chantier. Dans un premier temps, les artisans organisés en corps de métier étaient étroitement liés aux monastères, en particulier avec ceux de la Bénédictine (environ 9ème siècle). Mais plus tard ils deviennent indépendants et rejoignent la Fédération des tailleurs de pierres allemands sous la direction de quatre huttes, parmi lesquelles la hutte de Strasbourg occupe une position exceptionelle. Dans le 11ème, 12ème et 13ème siècle les fraternités des maçons ont prospéré dans toute l’Europe. Là encore, la connaissance de la lecture et de l’écriture que rarement répandus, leurs connaissances, leurs coutumes et leurs lois étaient cependant transmises de bouche à l’oreille. La tradition des mots de passe, de signes distinctifs (les poignées de main) et de nombreux symboles datent de cette époque et sont toujours présents dans la franc-maçonnerie actuelle. Les organisations de maçons existantes dans les pays germanophones – la plus ancienne remonte à 1459 – prouvent déjà d’une confédération ramifiée sur l’Allemagne et la Suisse. La fraternité était tenue ensemble par une législation commune, sanctionnée en 1498 par l’empereur Maximilien.
Au sommet des fraternités de maçons étaient des chefs élus, le Vénérable Maître, qui a été réélu chaque année et qui réglait tous les conflits. Les autres frères disposaient d’égalité en droits. Le compagnon était obligé d’enseigner l’apprenti dans son propre art. Chaque mois, il y avait une rencontre pour conseiller sur toutes questions et pour faire un procès.
Peu à peu les huttes déclinent avec la diminution de commandes pour la construction d’édifices religieux et ont été finalement dissoutes en 1731 par force. A la fin du 16ème et au début du 17ème siècle en Angleterre des laïcs érudits (maçons adoptés, « maçons reconnus ») se joignaient à des loges. Décisive pour l’admission n’étaient non pas naissance ou statut, mais la qualification personnelle de l’individu. La noblesse et la bourgeoisie se sont rencontrées sur un même niveau, ainsi la franc-maçonnerie contribuait à diminuer les disparités entre les hommes.
La première mention d’une telle admission se trouve dans un protocole de la Loge « chapelle de Marie » à Edinburgh du janvier 1600. John Boswell de Auchinleck est mentionné ici comme étant « maçon non opératif ».
Ces nouveaux facteurs étaient à l’origine de la transformation de l’ancienne Fraternité, surtout à l’époque de la construction de la cathédrale Saint-Paul à Londres. Après son achèvement, le nombre de loges diminuait dans le sud de l’Angleterre, restant seulement quelques-unes. Les autres membres, pour la plupart des maçons adoptés, voyaient l’obligation de maintenir l’association puis ce qu’ils reconnaissaient le contenu spirituel des travaux en loge. La philosophie des Lumières avait produit des idées pour l’éthique humanitaire et les baraques de chantier correspondent à cette influence. A cette époque a commencé la transformation de la Maçonnerie opérative en Maçonnerie spéculative.
Pour cette raison, quatre anciennes loges de Londres et de Westminster se réunissaient en 1717 comme la première Grande Loge d’Angleterre. Elles se sont réunies pour l’élection d’un Grand Maître (sayer) et une refonte du culte et de la constitution sous la direction du prédicateur James Anderson, du naturaliste John Théophile Desaguliers et de l’archéologue George Payne. On conservait le nom « francs-maçons » ainsi que l’emblème des anciens maçons et le secret des signes, mots et poignées.
Anderson a rédigé avec les anciennes obligations/les devoirs anciens en 1723, la première constitution maçonnique. Les anciennes obligations/les devoirs anciens régissent d’une part la relation entre les membres de la loge et la relation avec l’environnement non maçonnique et d’autre part le rapport à la religion et la politique. Il a ajouté que les femmes – en Angleterre – ne devraient pas être admises à la franc-maçonnerie. La rédaction de cette constitution tout en exigeant de ne reconnaître seulement les loges maçonniques lorsqu’elles suivent les règles de la présente constitution, a suscité des protestations de la part des anciennes loges, en particulier celle de York et celles d’Ecosse.
La propagation rapide de la franc-maçonnerie a appelé bientôt de nombreuses interdictions de la part de l’Eglise catholique comme de la part de l’État. Telle était interdite la maçonnerie à Naples en 1731, en Pologne en 1734, en Hollande en 1735, en France en 1737, à Genève, à Hambourg, en Suède et dans les Pays-Bas autrichiens en 1738 et à Florence en 1739 par l’empereur Charles VI. En Espagne et au Portugal l’Inquisition allait jusqu’au bout contre les francs-maçons. Déjà en 1738 l’excommunication fût imposée contre les francs-maçons par le pape Clément XII. (bulle papale: In eminenti apostolatus specula). Elle vint renouvelé par Benoît XIV. avec son taureau Providas romanorum (1751), par Pie VII. avec Ecclesiam a Jesu Christo (1821) et par Léon XIII. dans des encycliques diverses.
En France, à l’aide du duc de Montmorency-Luxembourg, fût née le 24 mai 1773 la Grande Loge Nationale, aujourd’hui Grand Orient de France (GOdF). Il a créé une constitution dont ses principes se sont retrouvés dans les réalisations de la Révolution française. Dans un circulaire du GOdF en 1775, ils ont trouvé les mots «La loi est l’expression de la volonté du public! », qui plus tard se retrouvaient écrits dans la Déclaration des droits de l’homme et du citoyen. On a parlé avec fierté des « citoyens de la démocratie maçonnique ».
La loge masculine à Le Pecq Les Penseurs Libres était devenue indépendante de la Grande Loge Symbolique Ecossaise de France et a pris la décision exceptionnelle, d’admettre dans le futur aussi des femmes. Le 14 janvier 1882 Maria Deraismes a été initiée. Cependant cela conduit à la fermeture de la loge après de violentes manifestations. Ainsi George Martin et Maria Deraismes ont décidé d’établir la première loge du monde qui accepte les deux – hommes et femmes – en tant que membres. Le 14 mars 1893 seize femmes ont été initiées. L’obédience de la franc-maçonnerie mixte – l’Ordre international de Co-Maçonnerie pour hommes et femmes (Ordre Maçonnique Mixte International ‘Le Droit Humain’) – a finalement été fondée le 4 avril 1893.